La historia comienza tiempo después de que Ariel fuera transformada en humana por voluntad de su padre, el rey Tritón con la voluntad de hacerla feliz. Ahora Ariel, casada con el principe Eric, ha tenido una niña, la pequeña Melody Durante la celebración en que Ariel y su pequeña hija volverían al mar, aparece Morgana, la malvada hermana de Úrsula, que atrapa a la niña y chantajea al rey de los mares con matarla si no le entrega el tridente,pero en un descuido pierde su oportunidad. Después de fracasar en su intento de obtener el tridente de Tritón desaparece jurando que se vengaría de la familia de Tritón y sobre todo de su adorada nieta. Esto provoca que Ariel, por miedo a lo que pudiera pasarle a su hija, decida crear un gran muro en el palacio para que Melody no se internara en el mar.
Cuando Melody llega al reino de Tritón, consigue hacerse con el tridente y sin dejar pista se lo lleva a la bruja. Ariel, junto a su amigo Flaunder, el pez que vivió toda su vida con ella, siguen a dos mantas, sirvientas de Morgana que han estado vigilando a Melody de cerca. Melody le entrega el tridente a Morgana y ésta, llena de poder comienza a someter al rey Tritón y a todos sus soldados. Ahora, todos están bajo el poder de la bruja, pero Melody ha vuelto a convertirse en humana pues el efecto del hechizo ha pasado, y ahora que no le afectan los poderes, se lanza contra la bruja arrebatándole el tridente y devolviéndoselo a su abuelo, que lanza un conjuro a Morgana y la congela para siempre. Ahora que la mar está tranquila, Melody pide a su madre que destruya el muro que separa la tierra de su abuelo con la de sus padres y finalmente, el tridente destruye el muro. Al final Melody puede convivir entre todos sus seres queridos, tanto de tierra como de mar.